A jelenlegi kéttornyú Szent Márton-bazilika 1232–1275 között épült. 1382-ben a Corpus Christi-kápolnával bővítették, ennek helyén épült a Zápolya-kápolna, ahol a család síremlékei találhatók. A templomban 15. századi freskókat csodálhatunk meg, a Károly Róbert koronázását ábrázoló freskó azonban 1317-ből való.
A templom román kori elemei a torony ikerablakai és a bélletes portálé. A késő gótikus átalakítás az 1460-as években történt, majd 1488 és 1494 között a magyarországi gótika egyik legszebb alkotása, a Zápolya-kápolna épült hozzá.
A Szent Márton-főoltárt 1478-ban szentelték fel. A háromosztatú oltárszekrényben Szűz Mária, Szent Márton és Szent Miklós szobra látható, ezeket a 19. századi felújításkor neogótikus stílusban átalakították. A szárnyak festett oltárképei eredetiek. Mind a négy képen három-három szent alakja látható, az alsó képeken pedig a hat legismertebb szent női vértanú. Szemben, a bal oldali felső képen pazar ruházatban a három magyar szent király, Szent István, Szent Imre és Szent László látható. Mindhárom alakot méltóságteljes pózban ábrázolták. A Mária halála oltár a főhajó déli felén áll, a 15. század végén készült. Veit Stoss krakkói oltárával mutat hasonlóságot. A szárnyak oltárképein aranyozott háttér előtt a magyar szentek láthatók. Fönt Szent István és Szent Imre palástban, attribútumaikkal: jogarral, országalmával, illetve karddal és liliommal. Szent László vértben, fölötte redőzött palásttal, kezében bárddal, kettős keresztes pajzsot tart. A székesegyház szentélyében a sekrestyeajtó fölött függ Szent István bekeretezett képe. A képaláírás szerint a képet a 15. században festették. Az eredetileg oltárképnek készült alkotáson Szent István ábrázolása Zsigmond király arcképével mutat hasonlóságot, de a viselet, az abroncsos zárt korona s a trónkárpit brokátmustrája már Mátyás korát idézi.
A gyönyörű Zápolya-kápolna keleti falánál a mérmíves gótikus ablakok előtt áll a Mária megkoronázása oltár. Az oltár különlegessége, hogy gótikus mintázatú oromzatát is több szoborral (Szent Imre, Szent István, Szent László) díszítették.
